Prvé gréckokatolícke sv. liturgie sa na Sídlisku III v Prešove začali slúžiť v roku 1997 v priestoroch kina Kozmos. Už v tomto čase sa pomaly začalo vytvárať spoločenstvo veriacich, ktoré dalo základ budúcej farnosti. Farnosť bola oficiálne zriadená vo februári 2003, vyčlenením z farnosti Ochrany Presvätej Bohorodičky Prešov-mesto, no už v máji v roku 2002 sa začali prvé stavebné práce na chráme, ktorý mal byť pôvodne zasvätený sviatku Premenenia Pána.

Blahorečenie vladyku Pavla Petra Gojdiča nakoniec rozhodlo o tom, že patrocínium nad chrámom bolo zverené práve jemu. 24. júna 2003 bola v chráme prvá sv. liturgia, pri ktorej boli protosynkelom o. Vladimírom Skybom v priestoroch chrámu slávnostne posvätené chrámové zvony. 13. júla 2003 bol chrám konsekrovaný vladykom Jánom Babjakom SJ, terajším prešovským arcibiskupom a metropolitom. 20. júla 2003 bol do farnosti uvedený prvý farár a kaplán. Od tej chvíle začala farnosť svoju samostatnú existenciu. Od 15. februára 2019 patrí k farnosti filiálka Veľký Šariš.